Я не читал книгу Дэна Брауна и, конечно не могу сравнить фильм с нею. Но, выражаясь драматургическим языком - 'сверхидея' фильма вполне может отличаться от таковой в книге.
Насколько я понимаю - речь в фильме идёт о Боге и о Человеке. И то, что лежит на поверхности - 'столкновение религиозных непреложных догматов со светским свободомыслием' (что служит источником предвзятого мнения о фильме со стороны глубоко верующих христиан) совсем не самоцель режиссера Ховарда. На мой взгляд - фильм говорит в первую очередь о том, что Бог в красоте, а красота - в искусстве, а искусство - создано Человеком.
Вся история в фильме - плоды догадок именно людей; теории, загадки, апокрифы и догмы - все придумано людьми и все это имеет свойство изменяться и умирать как персонаж Пола Беттани - рефлексирующий догматик убивающий плоть в попытке достичь высшего духовного уровня, но безнадежно к плоти привязанный, и до конца остающийся именно Человеком со своими человеческими чувствами и любовью. Искусство, созданное людьми - будь то храм или картина, бессмертно пока жив человек - тот кто осознает их.
Фильм насыщен символами (разумеется), которые ведут всех героев не к Богу, и не к отрицанию, а именно к себе, таким образом каждый из них остается в одиночестве, и каждый на своем месте, нашедшие или потерявшие свой собственный Грааль.